22 février 2024 massxpert2 Vue générale Le logiciel massXpert2 est un programme de modélisation de la chimie des polymères linéaires qui vise à simuler des données de spectrométrie de masse pour des séquences (bio) polymériques : une fois qu’une définition de la chimie des polymères a été modélisée, une séquence polymérique peut être saisie dans l’éditeur et un grand nombre de réactions de chimie des polymères peut être simulé avec production des données de spectrométrie de masse théoriques correspondantes. massXpert2 comporte les modules suivants XpertDef Avec ce module, l’utilisateur définit de toutes nouvelles chimies de polymères. Au minimum, une chimie de polymère comprend les informations chimiques suivantes : Une table de données isotopiques (isotopes nécessaires pour décrire les éléments chimiques) Une liste de monomères définis par un code (n’importe quel nombre de lettres), un nom et une formule. La formule définit le résidu, pas le monomère. Une liste de modifications (bio) chimiques définies par un nom, une formule chimique nette (la différence atomique nette entre les états non modifié et modifié), une liste de cibles de monomères qui pourraient être modifiées avec cette modification, et enfin le nombre maximum de telles modifications pouvant se produire sur une seule cible de monomère (pour la méthylation, cela pourrait être 3, par exemple, dans les histones ; ou pour la phosphorylation, cela pourrait être 1, pour les résidus de thréonine, sérine, tyrosine). Une liste d’agents de clivage (chimiques ou biochimiques), comme les enzymes protéolytiques ou les enzymes endonucléolytiques, mais aussi comme le bromure de cyanogène. La flexibilité de la grammaire utilisée pour définir les modifications permet la définition de modifications de monomères se produisant lors de l’utilisation de réactifs chimiques comme le bromure de cyanogène, par exemple, où le résidu méthionyl est converti en un résidu homoséryl. Une liste de schémas de fragmentation en phase gazeuse pour la simulation détaillée de la fragmentation d’ions précurseurs de la définition de polymère correspondante. La grammaire utilisée pour la définition des schémas de fragmentation en phase gazeuse est si flexible qu’elle permet la description des mécanismes de fragmentation les plus complexes dans le monde des saccharides. Les extrémités de séquence de polymères. Dans le monde des peptides/protéines, le polymère est une chaîne de résidus de monomères qui, pour correspondre à une séquence de polymère finie, doit être coiffée à la fois d’un proton à l’extrémité N-terminale et d’un groupe hydroxyle à l’extrémité C-terminale. La règle d’ionisation par défaut à utiliser lors du calcul de la composition élémentaire et des masses du polymère ou de l’oligomère (protéine ou peptide, par exemple). Une règle d’ionisation est définie en spécifiant la modification chimique à laquelle l’analyte est soumis lors de l’ionisation, la charge apportée par cette réaction d’ionisation et enfin le nombre de fois que la réaction d’ionisation doit être effectuée sur l’analyte. Pour la spectrométrie de masse MALDI des protéines, cela serait typiquement [+H, 1, 1], ce qui se lit comme “La protonation apporte un proton à l’analyte, apportant ainsi une charge de un une seule fois”. XpertCalc Avec ce module, vous obtenez une calculatrice de bureau qui comprend vos définitions de chimie des polymères telles que définies dans XpertDef. La calculatrice permet tout type de réaction chimique et est infiniment programmable. Un pad chimique est disponible dans lequel les réactions chimiques précédemment définies deviennent disponibles sous forme de boutons, exactement comme avec une calculatrice de bureau. Toute calcul est enregistré dans un journal qui est exportable pour être intégré dans le cahier de laboratoire. XpertEdit Avec ce module, vous disposez d’un éditeur de séquences polymériques sophistiqué et d’un centre chimique où une énorme quantité de simulations peut être effectuée. Tout ce qui concerne la masse est pratiquement réalisable dans XpertEdit. L’éditeur de séquences polymériques est configurable dans la mesure où la représentation graphique des résidus de monomères dans la séquence est définissable à l’aide d’un programme de dessin qui produit des fichiers SVG (comme Inkscape](https://www.inkscape.org), par exemple). XpertMiner Avec le module XpertMiner, vous disposez d’un centre d’exploration de données. Vous pouvez faire glisser et déposer des données provenant des spectres de masse (sous forme de listes (m/z, z)) et des données des simulations effectuées dans le module XpertEdit. Une fois là, toutes les données seront disponibles pour la comparaison, les calculs arbitraires comme, par exemple : “tous les éléments dans cette liste de valeurs m/z devraient subir l’augmentation de masse suivante” ou “cette liste de valeurs m/z devrait subir cette réaction : -H+Na”. Les possibilités sont infinies.